Ι. Ν. Κοίμησης της Θεοτόκου
Πάνω από τη Χώρα της Φολεγάνδρου, σκαρφαλωμένη στο βράχο βρίσκεται η μεγαλύτερη εκκλησία του νησιού, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Η εκκλησία που είναι το σημαντικότερο μνημείο του νησιού, είναι χτισμένη στη θέση αρχαίου ιερού, υλικά από τον οποίο έχουν χρησιμοποιηθεί για την ανέγερσή της. Τόσο στον αυλόγυρο όσο και στο εσωτερικό του ναού υπάρχουν επιγραφές, γλυπτά και βάσεις αγαλμάτων. Στο καμπαναριό υπάρχει κορμός μαρμάρινου αγάλματος ρωμαϊκής εποχής ενώ και η Αγία Τράπεζα στο ιερό στηρίζεται σε βάση αγάλματος.
Ο ναός υπήρξε καθολικό γυναικείας μονής. Από μαρμάρινη επιγραφή που χρονολογείται το 1687 εικάζεται ότι υπήρξε ανακαίνιση του ναού τη χρονολογία αυτή. Τη σημερινή της μορφή η εκκλησία την πήρε μετά την ανακατασκευή που ξεκίνησε το 1816 και τελείωσε το 1821. Το σχήμα του καθολικού είναι ορθογώνιο ενώ ανήκει στον τύπο της μονόκλιτης βασιλικής με τρεις τρούλους. Ο πολύτρουλος ναός της Παναγίας, είναι στολισμένος με μαρμάρινο τέμπλο, αρκετές καμάρες ενώ εντυπωσιακό είναι και το ψηλό, κατάλευκο κωδωνοστάσιο. Στην διακόσμηση του ναού της Παναγιάς της Φολεγάνδρου έχουν εργαστεί πολλοί φημισμένοι τεχνίτες της εποχής εκείνης, μεταξύ των οποίων και ο μαρμαρογλύπτης Καπαριάς με καταγωγή από την Τήνο, ο οποίος φιλοτέχνησε το υπέροχο μαρμάρινο τέμπλο, τον εξαίσιο αρχιεπισκοπικό θρόνο αλλά και τον άμβωνα του ναού.
Η ασημοστόλιστη εικόνα της Παναγίας που χρονολογείται από τους Βυζαντινούς χρόνους, θεωρείται θαυματουργή από τους κατοίκους του νησιού που την έχουν συνδέσει με διάφορους θρύλους και πειρατικές ιστορίες. Σύμφωνα με τη παράδοση, την Πρωτομαγιά του 1790 εμφανίστηκαν κάτω από την Πούντα 18 φούσκες (πειρατικά πλοιάρια) με Αλγερινούς πειρατές. Οι κάτοικοι έτρεξαν ψηλά στην εκκλησία της Παναγίας για να τους προστατέψει. Αφού προσευχήθηκαν πήραν την εικόνα της Παναγίας και την μετέφεραν στην άκρη του γκρεμού ζητώντας να τους σώσει. Τότε σηκώθηκε ξαφνικά δυνατός βοριάς που παρέσυρε τα πειρατικά πλοία και τα κατέστρεψε, με αποτέλεσμα να πνιγούν όλοι εκτός από έναν χριστιανό αιχμάλωτο που είχαν οι πειρατές μαζί τους. Αυτός κατάφερε να κολυμπήσει μέχρι τη στεριά. Όταν βγήκε έξω είπε στους κατοίκους πως λίγο πριν βουλιάξουν τα καράβια είδε μια μεγάλη αστραπή να κατεβαίνει ψηλά από τον βράχο και να χτυπάει τα πλοία. Το γεγονός θεωρήθηκε ως θαύμα από τη Παναγία και γι’ αυτό η Πρωτομαγιά αποτελεί μεγάλη γιορτή για τη Φολέγανδρο.
Ενδιαφέρον παρουσιάζει το έθιμο κατά το οποίο την ημέρα του Πάσχα και για τρεις ημέρες γίνεται περιφορά της εικόνας σε όλα τα σπίτια του νησιού καθώς και σε όλα τα καΐκια του νησιού.Για να φτάσει κάποιος στην εκκλησία θα πρέπει να ακολουθήσει για 15’ περίπου λεπτά το ανηφορικό πλακόστρωτο μονοπάτι που ξεκινά από την πλατεία Πούντα της Χώρας. Η θέα από την εκκλησία είναι εκπληκτική, ενώ φανταστικό είναι και το ηλιοβασίλεμα.