Πλοίο
Από Πειραιά
Η Φολέγανδρος συνδέεται ακτοπλοϊκά με το λιμάνι του Πειραιά όλο το χρόνο. Η ακτοπλοϊκή σύνδεση εξυπηρετείται καθ' όλη τη διάρκεια του χρόνου με 3-4 δρομολόγια το χειμώνα και 2-3 καθημερινά δρομολόγια το καλοκαίρι. Η διάρκεια του ταξιδιού διαρκεί περίπου 4,5 ώρες με ταχύπλοο και 10 ώρες με συμβατικό πλοίο.
Από Λαύριο
Υπάρχει 1 δρομολόγιο μία φορά την εβδομάδα όλο το χρόνο. Το ταξίδι διαρκεί γύρω στις 12 ώρες
Σύνδεση με άλλα νησιά
Η Φολέγανδρος συνδέεται ακτοπλοϊκώς με τα νησιά Αμοργός, Ανάφη, Θηρασιά, Ίος, Κέα (Τζια), Κίμωλος, Κουφονήσι, Κύθνος, Μήλος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σαντορίνη, Σέριφος, Σίκινος, Σίφνος, Σύρο